Видел лично (правда не на нексии, но думаю что не важно) на движке 1,5 16v что метки были изначально неверными (на 2 зуба на ремне ГРМ).
При замене ремня механики перманентным маркером сделали свои метки, сняли-одели ремень и всё ок.
Там же видел как восстанавливали такую еле едущую машину (стояло всё по заводским меткам): сняли ремень, по ВМТ выставили коленвал, затем распредвалы (естественно вращение было в пределах пары зубов ремня ГРМ) после чего одели ремень обратно - всё заработало прекрасно.
Так что есть вероятность что метки изначально неверно стоят, а ремень был одет не по ним

Правда могли просто с клапанами что-то наплужить или с гидрокомпенсаторами при ремонте.